西藏山南藏医药研究所成立于1989年。现有职工8人，其中，高级职称1人，副高级职称3人，初级职称1人，工勤人员3人。

成立以来，依靠精湛的藏医文化体系和较强的藏医药专家人才基础，一直致力于发展医院科研、教学、文化工作。主要承担科研课题申报、项目管理、科研合作、开发新产品；负责开展全院业务教学、进修管理，实习生管理；负责管理国家藏医住院医师规范化培训基地；承担非物质文化遗产项目申报和管理；负责编辑《索瓦日巴》学术期刊；负责运行医院文化馆。